这么一个地形上天然隔绝，又距离中枢咫尺之遥的好地方，只当风景看实在太浪费了。
早在至正二十六年（1366年），朱元璋就修了一道从太平门到台城的城墙，断开了湖水和覆舟山、鸡笼山的联系，随后又在钟山濒湖之处，修起一座太平门，门外修起一条湖头路，也叫太平堤。他在洪武六年（1373年）将城墙加高、加厚，防止有人居高临下，窥探湖中，又整修堤坝，隔绝了外人循钟山入湖的通道。洪武十九年第三次改造，向北修建新城墙，完全断开了后湖西岸。
紧接着，他从后湖东北角的湖坡开始，每隔一百步堆起一个土堆，立起一块界石，沿湖北、湖西边缘，正好绕湖半圈到神
，这么多易燃品堆在一起，来个火星，劈个闪电，就能烧成连营之势，太危险了；就算没有火灾，常年虫蛀鼠啮、水浸潮沤，对档案也是毁灭性打击。
因此对朝廷来说，黄册的收藏地点，必须足够大、足够近、足够安全，还得便于管理。在京城这寸土寸金的地方，要隔离出这么一大片地方，有点难度。
朱元璋思来想去，把目光缓缓投到了京城太平门外那一片叫后湖的水域。
此时的后湖，周长大约有四十里，不足全盛时的三分之一，四周被石头城、钟山、覆舟山、幕府山环绕。湖心有五座人造岛屿，号称“五洲”，分别是老洲、新洲、趾洲、长洲和麟洲，对应如今的环、樱、菱、梁、翠。（为叙述方便，接下来以如今称呼行文。）
这五座岛屿，最早可以追溯到南朝宋。当时宋文帝疏浚后湖时，用挖出的湖泥堆起了三座大岛，用海上三座神山来命名，即梁洲、环洲和樱洲的前身。它们个个来头不小，比如环洲之上有郭璞衣冠冢，梁洲是昭明太子编撰《文选》之处，樱洲是囚禁李煜之地，无不底蕴深厚。
后湖的外围，南有覆舟山、鸡笼山，东有钟山、青溪，西有卢龙山、石头城，北有幕府山，无论风水还是风景，都是极好的。
朱元璋是个实用主义者，他对这掩映如画的胜景毫无触动，对湖心五洲的格局却大感兴趣。
这里实在太适合修黄册库了。
湖心的五块洲陆，湖水环伺，只能靠行船往来。在这里修起黄册库，既方便隔绝闲杂人等接近，也有利于防火。而且后湖周回不长，外围再加一圈卫兵，便可以形成一个与世隔绝的双重禁区。关键是，这里离京城特别近，想调阅取档，立马可至，极其便当。
用时人的话说：“后湖之广，周遭四十里，中突数洲，断岸千尺……此诚天造而地设者也。”
